熊猫星球正值百年庆典之际，全体熊猫们沉浸在欢乐的海洋之中，就在此时，邪恶的鼠司令向熊猫星球发起了进攻，将所有的熊猫都变成了小丑。太空熊猫（易小寅 饰）和它的好友们侥幸逃过一劫，一行人来到了位于熊猫星球地下的秘密基地之中。

宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠大战，从而引发了宇宙大爆炸，随着宇宙大爆炸的能量旋窝，太空熊猫意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚以及六福星球的啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗、哼哼猪几个基因宝贝，大家在一起搞怪卖萌。